graphviz
Graphvizはグラフ構造の整形、描画、編集システムです。
本家
http://www.research.att.com/sw/tools/graphviz/
日本語パッチ
http://nile.ulis.ac.jp/~masao/software/graphviz-ja/*1
と、Java用描画エンジンGrappa
http://www.research.att.com/~john/Grappa/docs/att/grappa/package-summary.html
*1：TTFファイルが要るらしい
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